(前11世紀-前771年)周成王封胞弟姬虞于唐，稱。其封地在今山西翼城，后來叔虞宗族的一支遷至晉陽，在懸甕山麓晉水發源處建祠宇，稱唐叔虞祠。虞的兒子燮因境內有晉水，改國號晉。

漢安三年(144年)，太原地震，波及晉祠。

天保年間(550年-559年)，文宣帝高洋擴建晉祠，"大起樓觀，穿筑池塘"。讀書臺、望川亭、流杯亭、涌雪亭、仁智軒、均福堂、難老泉亭、善利泉亭等都始建于這個時期。自高洋以下皆續有修繕。

隋開皇六年(581年-586年)，在祠區西南方增建引晉水灌溉稻田，周回41里。

唐貞觀二十年(646年)，太宗李世民到晉祠，撰寫碑文《》，并又一次進行擴建。

太平興國年間(976年-983年)，宋太宗趙光義在晉祠大興土木，修繕竣工時還刻碑記事。

天圣年間(1023年-1032年)，宋仁宗趙禎于追封唐叔虞為汾東王，并為唐叔虞之母邑姜修建了規模宏大的圣母殿。

宋哲宗元佑、紹圣年間(1086年-1098年)，鑄造鐵人、筑蓮花臺以壯威儀。元佑二年(1087年)，太原府社頭呂吉等人獻圣母殿檐柱木雕盤龍六條和圣母座物。元佑四年(1089年)，鑄金人臺東南隅鐵人一尊(現存鐵人系民國十五年(1926年)補鑄)。紹圣四年(1097年)，鑄金人臺西南隅鐵人一尊。紹圣五年(1098年)，鑄金人臺西北隅鐵人一尊。東北隅鐵人早毀，于民國二年(1913年)補鑄。

宋徽宗崇寧中(1102年-1106年)，重修圣母殿，賜號"慈廟"。政和元年(1111年)，重修苗裔堂。政和八年(1118年)，鑄魚沼飛梁鐵獅子一對。

金大定八年(1168年)，更在飛梁大東，增建獻殿，專為圣母子貢獻祭品。面寬3間，深2間。

元世祖至元四年(1267年)，重修唐叔虞祠內建筑，勘定晉祠四周地界。弋殷撰《重修汾東王廟記》。

元仁宗二年(1313年)，僧洪治禪師重修奉圣寺。

元泰定帝致和元年(1328年)，重修苗裔堂。

元順帝元年(1341年)，王思誠任河東山西道(宣慰司)，整修晉祠。次年，太原地震，波及晉祠，乃重修圣母殿。至正三年(1343年)，石刻《孔子步趨圖》，置于清華堂。

明洪武元年(1368年)，重修雨花寺，正殿三間，左右配殿各三間。二年(1369年)，加封圣母為"廣惠顯靈昭濟圣母"。洪武三年(1370年)，創建仙翁閣，又稱紅閣。

 明十年(1412年)，僧圓覺禪師來奉圣寺，增建觀音堂，鑄圣母殿左鐘。十四年(1416年)，建上生寺，正殿三楹，東西配殿各三閣。永樂二十一年(1423年)，補鑄蓮花臺西北隅鐵人頭。

明元年(1457年)，圣母殿右側鑄造大鐘一口。天順五年(1461年)，山西巡撫茂彪修葺晉祠，刻《重修晉祠碑記》。

明成化二十三年(1487年)，圣母殿立《御制祭文》碑。

明六年(1511年)，重修苗裔堂。正德八年(1513年)補鑄西北隅鐵人脛部。正德十五年(1520年)，鑄昊天神祠鐘。

明中，建白鶴亭。嘉靖十一年(1532年)，王朝立在晉祠廟內東南角創晉溪書院。嘉靖二十七年(1548年)，建讀書臺，修望川亭、唐叔虞祠、善利亭、難老亭。嘉靖四十年至四十一年(1561年-1562年)，寧化王府修圣母殿、魚沼飛梁。嘉靖四十二年(1563年)，創建水母樓。

明元年(1567年)，高汝行撰《重修晉祠廟記》，重修東岳祠。

明年間(1573年-1620年)，在獻殿前增建對越坊和鐘鼓樓。接著又在會仙橋的東面，重修了華麗的供演戲之用。

清康熙元年(1662年)，重建望川亭。康熙二十五年(1686年)，太原知縣周在浚重修唐叔虞祠，并撰文記之。康熙三十八年(1699年)，建呂祖閣。康熙四十八年(1709年)，再修唐叔虞祠。康熙五十七年(1718年)，整修奉圣寺，創建待鳳軒。

雍正八年(1730年)，高氏重修臺駘廟。

乾隆元年(1736年)，建鈞天樂臺。乾隆二年(1737年)，改建三圣祠、同樂亭。乾隆十二年(1747年)，重修舍利生生塔。乾隆十六年(1751年)，翰林楊二酉致仕回晉祠，致力于晉祠修繕。乾隆二十五年(1760年)，重修公輸子祠。乾隆三十六年(1771年)，山西巡撫朱珪、太原令周寬重建唐叔虞祠。乾隆三十八年(1773年)，擴建文昌宮、晉水七賢祠、鎖虹橋。乾隆三十九年(1774年)，修魚沼飛梁。乾隆四十三年(1778年)，建白鶴亭。乾隆五十年(1785年)，建朝陽洞及讀書臺。乾隆六十年(1795年)，擴建昊天神祠、重修讀書臺。

嘉慶六年(1801年)，修玉皇閣、三清洞，關帝廟落成。嘉慶十四年(1809年)，全面修葺晉祠，包括蓮池、水榭、飛梁、臺駘廟、公輸子祠、三圣祠等。嘉慶二十三年(1818年)，修雨花寺。

 道光五年(1825年)，重修東岳廟。道光二十四年(1844年)，修葺晉祠部分建筑。

咸豐五年(1855年)，重建清華堂。

同治二年(1863年)，重修奉圣寺。

光緒元年(1875年)，光緒題"三晉遺封"匾額。光緒二十八年(1902年)，邑人劉大鵬完成《晉祠志》稿。光緒三十年(1904年)，修晉祠待鳳軒。

六年(1917年)，建洗耳洞和真趣亭。

民國十五年(1926年)，補鑄晉祠金人臺東南隅鐵人頭。

民國十六年(1927年)，榮鴻肪筑陶然村別墅(榮家花園)。

民國十九年(1930年)，建石舫"不系舟"。

1954年，修智伯渠，重建鎖虹橋。

1960年，重建望川亭，重修苗裔堂，擴建文昌宮。

1964年，新建晉祠大門和望川亭，整修陸堡河及三臺閣。同年拆除同樂亭，改建山西歷代書畫室。

1965年，擴建難老泉水堰，興建晉祠公園南湖大廳、船碼頭。

1975年，全面整修文昌宮。

1977年，省干部療養院歸還奉圣寺遺址房屋120間。

1978年，全面整修晉祠，平整土地47845平方米，遷出文物區內住戶22家，王瓊祠南山建成六角亭一座，整修智伯渠，重砌善利泉水渠，修繕關帝廟、唐叔祠、三臺閣、晉溪書院。

1980年，在奉圣寺原址重建新遷建筑。

1980-1981年，在晉祠王郭村附近發掘的東安王婁睿墓葬，墓中保存近200平方米的壁畫，為中國保存最早、藝術價值很高的歷史珍品。

1981年，擴建唐碑亭。同年維修雨花寺、老君洞、瑞云閣、陶然村別墅等主要建筑。改造晉祠公園飲馬泉景區，建造御井亭、藕香榭、長廊及牌坊等工程，至1989年全部竣工。

1991年，董壽平美術紀念館在晉祠博物館落成開館。刻制晉祠內外八景碑竭，并建碑廊。恢復晉溪書院。建太原王氏始祖王子喬祠。